
في الثامن عشر من سبتمبر فاز علي عزت بيجوفيتش برئاسة جمهورية البوسنة والهرسك. وبذلك أصبح أول رئيس لجمهورية البوسنة والهرسك بعد انتهاء الحرب الأهلية.
وهو ناشط سياسي بوسني وفيلسوف إسلامي، مؤلف لعدة كتب أهمها الإسلام بين الشرق والغرب.
ولد في مدينة بوسانا كروبا البوسنية تعلم في مدارس العاصمة سراييفو، وتخرج من جامعة سراييفو تخصص القانون، وعمل مستشاراً قانونياً لمدة 25 سنة، ثم اعتزل وتفرغ للبحث والكتابة. والعمل السياسي حتى وصل إلى أعلى منصب في جمهورية البوسنة التابعة للإتحاد اليوغوسلافي. ومع تفكك هذا الإتحاد في فبراير من عام 1991، دعا علي عزت بيجوفيتش إلى استفتاء وطني حول استقلال البوسنة كشرط أوروبي للاعتراف بالبوسنة والهرسك كدولة مستقلة، على الرغم من تحذيرات الأعضاء الصرب للرئاسة أن أي تحرك نحو الاستقلال من شأنه أن يؤدي بالمناطق الصربية في البوسنة إلى البقاء مع يوغوسلافيا الفدرالية، وتم مقاطعة الاستفتاء من قِبل الصرب الذين اعتبروا الاستفتاء خطوة غير دستورية، وقد صوت 99.4٪ من الناخبين لصالح الاستقلال، وبلغت نسبة المشاركة 67٪ (تشكلت كلها تقريباً من البوشناق والكروات)،
وأعلن عزت بيغوفيتش استقلال البلاد في شهر مارس من عام 1992.
وقع نزاع مسلح دولي في البوسنة والهرسك في الفترة بين 6 أبريل 1992 و14 ديسمبر 1995، كانت الحرب بين قوات من جمهورية البوسنة والهرسك وبين القوات التي نصبت لنفسها كيانات جديدة وهي القوات الصربية البوسنية والقوات الكرواتية البوسنية في البوسنة والهرسك،
وأشارت الإحصائيات إلى أن حوالي 100,000 شخص قتلوا خلال الحرب في البوسنة،[ وبالإضافة إلى ذلك تم اغتصاب ما يقدر ب 20,000 إلى 50,000 امرأة، وتشريد أكثر من 2.2 مليون شخص، مما يجعل الصراع في البوسنة والهرسك الأكثر دموية في أوروبا منذ نهاية الحرب العالمية الثانية.
وخلال شهري سبتمبر وأكتوبر من عام 1995 قامت القوى العالمية وخاصة الولايات المتحدة الأمريكية وروسيا بجمع أطراف النزاع لحضور المفاوضات في دايتون، أوهايو.[64]عقد المؤتمر في شهر نوفمبر من عام 1995، وشارك فيه رئيس جمهورية يوغوسلافيا الاتحادية سلوبودان ميلوسوفيتش، ورئيس جمهورية كرواتيا فرانيو تودجمان، ورئيس البوسنة والهرسك علي عزت بيغوفيتش،
وبعد أن تم التوقيع على الاتفاق في دايتون، أوهايو في 21 نوفمبر 1995 تم التوقيع على اتفاق كامل ورسمي في باريس في 14 ديسمبر 1995.[63]نصت الإتفاقية على خمسة عناصر رئيسة هي: الالتزام بوحدة أراضي البوسنة، وتقسيم البوسنة إلى قسمين أحدهما ذات طابع فيدرالي للمسلمين والكروات والثاني جمهورية للصرب، ويحصل المسلمون والكروات على ثلثي مقاعد البرلمان والثلث الآخر للصرب، الحكومة المركزية هي المسؤولة عن السياسة الخارجية وقضايا المواطنة والهجرة، عودة اللاجئين الذين شردتهم الحرب،[63][65] وعلى أساس هذا الاتفاق يحكم البوسنة والهرسك مجلس رئاسي بدلاً من رئيس واحد، ويضم المجلس 3 رؤساء أحدهم يمثل المسلمين وآخر يمثل الكروات ويتم انتخابهما من قِبل سكان اتحاد البوسنة والهرسك أي فيدرالية المسلمين والكروات، أما الثالث فهو صربي ينتخبه سكان جمهورية صرب البوسنة، ومدة المجلس الرئاسي 4 سنوات ويتولى أعضاؤه الثلاثة الرئاسة بالتوالي لمدة 8 أشهر لكل منهم، فيترأس كل منهم البلاد مرتين، وجاءت اتفاقية دايتون بنصوص غير مرضية للمسلمين وقال الرئيس البوسني علي عزت بيجوفيتش: «إن اتفاقاً غير منصف خير من استمرار الحرب
كان أحد أهم نتائج اتفاقية دايتون هو تشكيل مجلس الرئاسة البوسني، مسؤليته إدارة البلد بدلاً من رئيس مباشر يحكم البلاد. أنشئ مجلس الرئاسة البوسني ليتولى رئاسة البوسنة والهرسك، على أن يتكون هذا المجلس من ثلاثة أعضاء: بوسني وكرواتي ينتخب كل منهم مباشرة من اتحاد البوسنة والهرسك، وصربي واحد ينتخب مباشرة من جمهورية صرب البوسنة.[
بعد أن أجريت الانتخابات الرئاسية والبرلمانية في شهر سبتمبر من عام 1996، تم تشكيل مجلس الرئاسة البوسني والذي يتكون من الرؤساء الثلاثة علي عزت بيغوفيتش ممثلاً عن المسلمين، وموسشيلو كرايشنيك ممثلاً عن الصرب، وكريشمير زوباك ممثلاً عن الكروات، وكانت مدة هذا المجلس أربع سنوات من 1996 وحتى 2000، وكانت رئاسة المجلس مناوبة بين الأعضاء الثلاثة، نصب خلال هذه الفترة علي عزت بيجوفيتش رئيساً لمجلس الرئاسة البوسني مرتين: الأولى من 5 أكتوبر 1996 حتى 13 يونيو 1998، والثانية في 14 فبراير 2000 حتى 14 أكتوبر 2000.
وتوفي علي عزت بيجوفيتش في 29 أكتوب 2003.